Cy3-5-FUDR，Cy3-5-氟-2'-脱氧尿苷的结构特性

Cy3-5-FUDR是一种将荧光染料Cy3与抗代谢核苷类似物5-氟-2'-脱氧尿苷（5-Fluoro-2'-deoxyuridine, FUDR）通过共价偶联形成的功能化分子。该分子兼具核苷类似物的结构特性和Cy3的荧光性能，使其在核酸代谢研究、细胞摄取追踪、

一、化学组成与结构特性

1. 5-氟-2'-脱氧尿苷（FUDR）骨架
   FUDR为2'-脱氧核糖核苷类化合物，其中尿嘧啶碱基的5位氢被氟原子取代。该分子结构包括：

• 脱氧核糖糖骨架，提供亲水性羟基（–OH）和糖环柔性结构。

• 尿嘧啶碱基环，通过5位氟取代增强分子稳定性和与核酸酶的结合选择性。
  FUDR分子通过核苷形式可被细胞内酶代谢，参与DNA合成及核酸代谢相关研究。

2. Cy3荧光染料
   Cy3属于氰ine类染料，含有吲哚环和共轭多亚甲基链，提供明亮的橙红色荧光（激发波长约550 nm，发射波长约570 nm）。Cy3染料通过反应性活性基团（如NHS酯、异硫氰酸酯或琥珀酰亚胺酯）与FUDR的5位氨基或修饰位点形成稳定共价键，实现荧光标记。

3. 偶联结构特点
   Cy3-5-FUDR通过共价键将荧光端与FUDR偶联，使其保留核苷结构特性和糖骨架亲水性，同时赋予分子可视化荧光信号。该偶联通常采用柔性连接臂，以减少空间阻碍对荧光效率和生物活性的影响。分子整体呈现亲水-荧光复合结构，可在水性体系和细胞培养体系中良好分散。

二、溶解度特性

1. 水溶性
   Cy3-5-FUDR由于核糖骨架的羟基和FUDR碱基环的极性官能团，在水性缓冲体系中具有一定的溶解性。通常在去离子水、PBS缓冲液或生理盐水中可溶解，浓度范围可根据实验需求调节，一般在0.1–5 mM范围内稳定分散。水溶性优势使其适合细胞实验、体外荧光追踪及分子代谢研究。

2. 有机溶剂溶解性
   Cy3染料的共轭碳链赋予分子一定疏水性，因此Cy3-5-FUDR可在极性有机溶剂中部分溶解，如DMSO或DMF。这类溶剂适合用于高浓度储存或在非水体系中进行化学反应。储存时一般建议将其溶解于DMSO中，避免光照，以减少荧光漂白和分解。

用途：科研

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