CAS号：156312-20-8，YOYO-3(1mM solution in DMSO)的反应机制

CAS号：156312-20-8，YOYO-3(1mM solution in DMSO)的反应机制

YOYO-3 是一种双分子偶联型荧光染料，属于氧杂黄染类（oxazole yellow）衍生物。化学上，它由两个氧杂黄染单体通过甲撑桥（methylene linker）连接而成，形成对称结构。YOYO-3 可溶于 DMSO，常用浓度为 1 mM 的储备溶液。在水溶液或缓冲体系中，YOYO-3 具有弱荧光，但在与双链 DNA 或 RNA 结合后会显著增强荧光信号。这种特性使其成为核酸染色和荧光成像的常用工具。

YOYO-3 的结合机制主要依赖于 插入作用（intercalation）。其平面芳香基团可以插入 DNA 双螺旋的碱基对间隙，形成稳定的非共价复合物。甲撑桥连接的两侧染料单元可以同时插入相邻碱基对，使荧光增强效应更强。结合过程中，YOYO-3 会限制 DNA 局部构象的动态运动，导致分子内振动和旋转受限，从而显著提高荧光量子产率。这一效应在单分子水平和整体 DNA 浓度分析中均可观测到。

在反应机制上，YOYO-3 的主要过程包括几个步骤。首先，染料分子以游离状态存在于溶液中，分子平面可自由旋转。遇到双链 DNA 后，芳香平面靠近碱基对堆叠区，发生静电吸引和 π–π 堆叠作用。随后，染料插入 DNA 双螺旋，形成稳定的非共价复合物。甲撑桥保持染料单元在合适的间距，使两端同时与 DNA 结合，增强结合稳定性。结合后的 YOYO-3 荧光强度可比未结合状态高几个数量级，且结合动力学受温度、离子强度及 DNA 序列影响。

此外，YOYO-3 与 DNA 的结合具有一定选择性，偏好 GC 含量较高的区域，因碱基对堆叠更紧密，利于芳香环插入。其结合是可逆的，当外界条件改变（如高盐浓度或加热）时，染料可从 DNA 解离，荧光信号随之减弱。这种可逆结合使 YOYO-3 可以在实时监测 DNA 动态变化和双链解链实验中使用。

在实验应用中，YOYO-3 常用于荧光显微镜成像、凝胶染色和单分子 DNA 研究。其对 DNA 的插入作用不涉及共价化学反应，而是基于物理结合和非共价相互作用，因此不会破坏核酸骨架结构。反应机制体现为 物理吸附 → 插入 → 荧光增强 的连续过程，其中插入是核心步骤，荧光增强则是结合效果的可观测输出。

YOYO-3 的动力学研究显示，结合速率受 DNA 浓度和溶液环境影响，而解离速率相对较慢，形成稳定复合物的时间通常比荧光检测时间短。通过调控染料与 DNA 的摩尔比，可实现荧光信号的线性响应，便于定量分析。其对双链 DNA 的高选择性和荧光增强机制，使其成为实验室中常用的核酸标记和研究工具。

总体来看，YOYO-3（CAS 156312-20-8）是一种非共价插入型荧光染料，主要通过芳香基团插入 DNA 双螺旋碱基对，实现荧光增强。其结合机制包括静电吸引、π–π 堆叠和甲撑桥定位作用，反应可逆且可通过环境条件调控。该特性使其在核酸成像、荧光分析和 DNA 动态研究中得到广泛应用。

产品名称：YOYO-3 

纯度：95%+

规格：mg/g

用途：科研

厂家：良林生物

产品目录

Tide Quencher 6WS N3 荧光淬灭剂 Tide Quencher 6WS叠氮化物

Tide Quencher 6WS NHS 荧光淬灭剂 Tide Quencher 6WS琥珀酰亚胺酯

Tide Quencher 7WS acid 荧光淬灭剂Tide Quencher 7WS酸

Tide Quencher 7WS NH2 荧光淬灭剂Tide Quencher 7WS胺

Tide Quencher3WS NHS 荧光淬灭剂 Tide Quencher 3WS琥珀酰亚胺酯

仅用于科研，不能用于人体。小编axc