CAL Fluor Red 590 Amidite，功能化核苷磷酰胺化试剂的反应机制
CAL Fluor Red 590 Amidite，功能化核苷磷酰胺化试剂的反应机制
CAL Fluor Red 590 Amidite 是一种功能化核苷磷酰胺化试剂，用于固相寡核苷酸合成中在特定位置引入红色荧光标记。其核心为 CAL Fluor Red 590 荧光团，激发波长约 590 nm，发射波长约 610 nm，具有高量子产率和良好光稳定性。通过与磷酰胺化核苷结合，该试剂可在寡核苷酸链的 5′ 端或内部精确引入荧光团，实现分子探针、实时定量 PCR（qPCR）探针、荧光成像及多通道分析体系的构建。
反应机制主要依赖磷酰胺化偶联化学原理，包括以下关键步骤：
磷酰胺化活性端偶联
CAL Fluor Red 590 Amidite 以 2-氰乙基磷酰胺化（CE）形式存在，其活性端能够与前一个核苷的 5′-羟基发生亲核取代反应。反应过程中，磷酰胺化活性端的磷原子与 5′-羟基形成三价磷酸酯中间体，并通过碱催化或适当活化条件转化为稳定的磷酸酯键，实现荧光团与核酸主链的共价结合。柔性连接桥作用
荧光团通常通过短链烷基或聚醚（如 TEG）柔性桥与核苷骨架连接。该桥不仅提供空间隔离，减少 steric hindrance 对核酸杂交和酶识别的影响，同时也保证了荧光团的自由旋转和光学性能，从而提高标记效率和信号强度。DMT 保护基的选择性去保护
在固相合成中，5′-羟基通常由 DMT（Dimethoxytrityl）保护。偶联前，DMT 保护基被酸性试剂选择性去除，释放羟基，使其能够与 CAL Fluor Red 590 Amidite 的磷酰胺化活性端反应。偶联完成后，磷酸酯键稳定，荧光团成功引入寡核苷酸链。氧化稳定化
偶联反应生成的三价磷酸酯中间体通过氧化步骤转化为五价磷酸酯（通常使用 I₂ 溶液或其他氧化剂），形成稳定的寡核苷酸链结构。该步骤确保荧光团牢固附着，并适合后续链延伸或生物分析应用。空间与光学特性维护
柔性连接桥和荧光团设计兼顾光稳定性和化学稳定性，使偶联后的荧光标记在长时间储存、自动化合成及生物检测过程中保持性能稳定。
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产品名称：CAL Fluor Red 590 Amidite
纯度：95%+
规格：mg/g
用途：科研
厂家：良林生物
产品目录
CY2海藻糖 CY2-Trehalose
CY2黄芪多糖 CY2-Astragalus polysaccharide
CY2-姜黄素，Cyanine2-Curcumin，
CY2-聚乙二醇-刀豆球蛋白A，Cyanine2-PEG-ConA，
仅用于科研，不能用于人体。小编axc