链霉亲和素磁珠结合片段的长度和结合能力为多少?

链霉亲和素磁珠结合片段的长度和结合能力为多少?

由于具有空间位阻，因此结合能力取决于片段大小。

例如，500 bp片段在Dynabeads M-280链霉亲和素磁珠上的结合量是1,000 bp片段的2倍。长DNA片段会占据磁珠周围更多空间，使其更难“找到”磁珠上的链霉亲和素。较短的片段更易接近链霉亲和素。对于大于2kb的DNA片段，推荐使用Dynabeads kilobaseBINDER™试剂盒。

该试剂盒包括Dynabeads M-280链霉亲和素磁珠和一种可增强长生物素化DNA片段（大于2kb）固定的结合液。对于大于1-2kb的DNA片段，推荐使用Dynabeads kilobaseBINDER™试剂盒，因为结合液可增强结合能力。该结合液可使DNA线性化，进而伸展且碱基堆叠成刚性结构（不适用于质粒或环状核酸等较短的片段）。

盐浓度可影响生物素化核酸与Dynabeads链霉亲和素磁珠的结合效率。对于1kb以内的生物素化DNA片段，*佳结合条件为1M NaCl（终浓度），25℃孵育15分钟；较长的DNA片段应固定过夜。生物素化抗体应在含0.1% BSA，pH 7.4的PBS缓冲液中固定。由于游离生物素与Dynabeads链霉亲和素磁珠结合的速度比大分子更快，因此应确保样本不含过量的游离生物素。应使用HPLC或FPLC回收生物素化寡核苷酸，以避免样本中游离生物素的存在。

由于待固定的特定分子的大小和生物素化过程都将影响磁珠的结合能力，因此，可采用滴定法优化每个单独应用中的磁珠使用量。